2004 yılına ait MGK kararı Taraf'ta yayınlandıktan sonra, Balyoz ya da Ergenekon davalarıyla ilişki kurmaya çalışanlara rastlıyoruz. Deniliyor ki: "Başbakan ve hükümet üyeleri, Fethullah Gülen'e karşı bir eylem planı oluşturulmasını talep eden tavsiye kararını imzaladı ama uygulamadı. Balyoz da uygulanmadı. Altında Dursun Çiçek'in imzası bulunan İrtica ile Mücadele Eylem Planı da."
İkisi arasında bir irtibat olabilirmiş gibi konuşuluyor. Bu ters bir mantık değil mi? Farz edelim ki, hükümet gönül rızasıyla bu imzayı attı. O takdirde dahi, askerlerin, sözde "cumhuriyeti koruma ve kollama" adına, hükümetin bilgisi dışında giriştikleri faaliyetlerle bir mukayese yapılamaz. Zira MGK, meşru bir zemindir. Verilen kararlar, elbette tartışılabilir ama cezai sorumluluk getirmez. Diğerleri, gayrimeşru faaliyetlerdir.
Tabii atılan imzaların, siyasi sonuçları olabilir. Şöyle ki: Erbakan, 28 Şubat kararlarını imzaladı diye, çok eleştirildi. Erdoğan ve arkadaşları da tenkit edilebilir. Ben her zaman, Erbakan'ın bir dayatma karşısında kaldığını, imzasını atmakla birlikte, uygulamaya geçmediğini belirttim. Askeri vesayetin yarattığı o iklimi ne çabuk unutmuş görünüyoruz! Erbakan, 28 Şubat kararlarını imzalamasaydı, belki darbe olabilirdi. Hiç değilse, "post-modern" darbeyle iktifa edildi. İyi kötü sivil bir hükümet görevine devam etti. Seçimlerde de, halk, askerle işbirliği yapan kadroları tasfiye etti.
2009 yılı da dahil, o tarihe kadar, askeri bünye içinde hükümeti devirmeye yönelik çok sayıda girişimin mevcudiyetini artık biliyoruz. Tehlike bertaraf edildikten sonra, AK Parti, vesayetin belini kırmaya yönelik adımlar attı: 1997'de Genelkurmay Başkanlığı ile İçişleri Bakanlığı arasında imzalanan ve acil durumlarda, askere, mülki amirden izin almadan toplumsal olaylara müdahale yetkisi veren EMASYA Protokolü'nü Şubat 2010'da kaldırdı. 2010'un Kasım ayında Milli Güvenlik Siyaset Belgesi'nden "irtica tehdidi" ifadesi çıkarıldı. İç güvenlik bölümünde, sadece "din istismarı" ile "aşırı dinci örgütler" tanımı muhafaza edildi. 28 Şubat'tan sonra Batı Çalışma Grubu'nun yerine ikame edilen ve irtica tehlikesine ilişkin gelişmeleri takibe alan Başbakanlık Takip Kurulu ise ancak 2010 sonunda lağvedilebildi.
12 Eylül 2010 referandumuyla, Yüksek Yargı'nın vesayeti nihayete erdi. Eskisine göre daha demokratik bir yapıya kavuşan Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulu üyeleri, tabandan ve çok daha geniş bir katılımla seçildi.
AK Parti, 2010'da bu önemli adımları Ergenekon'a yönelik yargı sürecinin başlaması sayesinde atabildi. 2007'de Ümraniye'de bombaların ele geçirilmesi, ilişkili isimlerin yakalanması, 2008'den itibaren Ergenekon dalgalarının art arda gelmesinin yolunu açtı. 2010 Ocak'ında da, Balyoz belgeleri Taraf'ta yayınlandı. Yargı, darbe planı yapanların yakasına yapışınca, iktidarın eli rahatladı.
2004'te imzalanan bu kararın gereğinin yapılmadığı ortada. Aksine, uygun bir zaman ve zemin beklendi; Türk Silâhlı Kuvvetleri, siyaset dışı bir konuma itildi.
