İstanbul Askeri Casusluk Davası'nın iddianamesini hazırlayan eski İstanbul Cumhuriyet Başsavcıvekili Fikret Seçen ile davaya bakan üç hakim Metin Özçelik, Mehmet Ekinci ve Birol Bilen hakkında "Resmi belgeyi bozma, yok etme veya gizleme", "İftira", "Görevi kötüye kullanma" suçlarından 4 yıl 9 aydan 14.5 yıla kadar hapis istemiyle iddianame düzenlendi. İddianamede Seçen hakkında kuvvetli delil bulunması, yurtdışına kaçması, ülkeye geri dönmemesi nedeniyle tutuklama amaçlı yakalama kararı talep edildi. İddiamenin gönderildiği Bakırköy 10'uncu Ağır Ceza Mahkemesi, soruşturmanın açılmasına karar verirse, dosyayı Yargıtay'a yollayacak. Bakırköy Cumhuriyet Başsavcıvekili Ömer Faruk Aydıner tarafından hazırlanan 29 sayfalık iddianamede şu ifadelere yer verildi: "İstanbul Askeri Casusluk Davası soruşturma dosyasında; bazı şüphelilerin avukatı olan Naim Karakaya'nın TÜBİTAK'a sorduğu soruların cevapları geldi. Ancak Seçen gizlilik nedeniyle TÜBİTAK BİLGEM'in cevap yazısını soruşturma dosyası içerisine koymayarak 7 Şubat 2011 tarihli müzekkereyle mühürlü bez torba içinde adli emanette muhafaza altına aldırdı. Rapordan iddianame içeriğinde bahsedilmedi ve deliller bölümünde gösterilmedi. Karakaya, TÜBİTAK'ın cevabi yazısının adli emanetten getirtilerek dava dosyasına konulmasını defalarca talep etti. Özçelik, Bilen'le Ekinci, tutuklu sanıkların taleplerini reddetti. TÜBİTAK yazıları, adli emanete kaydı gereken bir suç eşyası niteliğinde değildi. Bu belgeler, şüphelilerin hukuki durumlarını aydınlatan, şüphelilerin lehine delil niteliği vardı."
