Fransa'nın Touraine bölgesinde La Haye (bugün La Haye Descartes) kentinde, mesleğinden dolayı soylu sayılan hukukçu bir babanın dördüncü çocuğuydu. Annesi, René' nin doğumundan bir yıl sonra öldü. Küçük René, Rennes' de meclis üyesi olan babasını da çok az görebildi. Doğuştan narin yapılı olduğu için, özel bir bakıcının gözetiminde büyüdü. Bu koşullarda yalnızlığa alışık, içe dönük ve aşırı duyarlı bir çocukluk geçirdiği düşünülür.
Olağanüstü zihinsel yeteneği çok küçük yaşta ortaya çıkan René, sekiz yaşına değin özel öğretmenlerce yetiştirildi. Babası Joachim Descartes, kendi mesleğini sürdürmesini istediği oğlunu 1604'te o yıl yeni açılan ve bir Cizvit kuruluşu olan La Flèche Kraliyet Yüksekokulu'na gönderdi. Bu okul, sonraki yıllarda Avrupa'nın en iyi öğretim kurumlarından biri durumuna gelecekti. Descartes burada geçirdiği 10 yıl boyunca özellikle üstün bir bilgin olan Peder Charlet' nin gözetiminde Yunan ve Roma klasikleri, Fransızca, müzik, tiyatro, binicilik ve eskrim dersleri aldı. Felsefe alanında, daha çok Aristoteles'e dayalı Skolastik felsefenin sınırları içinde o dönemde edinilebilecek en iyi eğitimi gördü. Descartes, sonraki yıllarda bu eğitimi hem çok övmüş, hem de bu eğitimin sonuçlarını zihnini bulandırdığını belirterek La Flèche' te bilgi ağırlığını omuzlarından atmaya çalıştığını söylemiştir.
Sonradan geliştireceği yöntemli şüphenin, bu yükten kurtulma çabasından kaynaklandığı düşünülür. Descartes, La Flèche' i bitirdikten iki yıl sonra 1616'da Poitiers Üniversitesi'ne den hukuk diploması aldı. Ama babasının isteğinin tersini, aile geleneğinden koparak yazarlığı ve felsefeyi seçti. Genç yaşta verdiği bu kararın amacı, "dünya kitabını incelemek " ve "kendi benliğini araştırmak"tı. Gördüğü eğitim sonucunda kendisini "bilge değil, cahil bir kişi" sayıyor, dolayısıyla "doğruyu yanlıştan ayırma" tutkusuna kulak veriyordu. 1618' de Felemenk' e giderek İspanya ile savaşan Orange Prensinin ordusuna gönüllü subay olarak katıldı. Bunu, Otuz Yıl Savaşları (1918-48) boyunca başka bir çok orduda üslendiği askeri görevler izledi. Ama genç düşünür hiçbir çarpışmaya katılmadı; Kamp yaşamı onun için gerçekte bir derin düşünme ortamıydı. Özellikle küçük yaştan beri yetenekli olduğu matematik, savaş yıllarındaki en önemli uğraşı durumuna geldi. Bavyera ordusunun Ulm yakınlarındaki karargâhındayken 10 Kasım 1619 gecesi gördüğü bir düşünde etkisiyle "yepyeni ve göz kamaştırıcı bir bilimicidir.
