Eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın isim vermeden "Hakkımda istihbarat topluyor" diye suçladığı eski Emniyet İstihbarat Dairesi Başkanı Sabri Uzun'un, 2003'te jandarma komutanları tarafından Emniyet Genel Müdürü Gökhan Aydıner'e şikâyet edildiği ortaya çıktı. İkinci Ergenekon iddianamesinin eklerinde, Şemdinli olayını araştıran Meclis Komisyonu'na verdiği ifadede savcı Ferhat Sarıkaya'nın 'doğru iz üzerinde olduğunu' söyledikten sonra görevden alınan Sabri Uzun'la ilgili bir belge yer alıyor. Jandarma Planlama Koordinasyon ve Güvenlik Daire Başkanı Kurmay Albay Cihandar Hasanhanoğlu imzalı bu raporda, Uzun için "Kendisi 'Bizde terfiler Hüsrev Lokantası'nda yapılır. Eğer adamınız, dayınız varsa Hüsrev Lokantası'nda bu işi bağlarsınız' diyerek Emniyet Genel Müdürlüğü'nün terfi sistemini özetlemiştir" deniliyor. Raporda Uzun'un, Jandarma teşkilatı ve askere olumsuz baktığı, Emniyet Genel Müdürlüğü'nün adının Emniyet Müsteşarlığı olması ve Jandarma Komutanlığı'nın bu müsteşarlığa bağlanması gerektiğini belirttiğine yer veriliyor ve "Jandarma Genel Komutanlığı'nın hizmette etkinleştirilmesi hususunda olumsuz tutum ve davranışını devam ettirebileceği değerlendirilmektedir" deniliyor. Bu rapor üzerine Jandarma komutanlarının Sabri Uzun'u Emniyet Genel Müdürü Gökhan Aydıner'e şikâyet ettiğine ilişkin tutanaklar da iddianame eklerindeki klasörlere girdi.