Hakkari'nin Şemdinli ilçesinde 9 Kasım 2005'te bir kitabevinde meydana gelen patlama ile ilgili Van Askeri Mahkemesinde yürütülen davanın müdahil avukatlarından Ayhan Çabuk, Murat Timur ile Selçuk Kozağaçlı, Van Askeri Mahkemesine geldi. Avukatlar, Jandarma Asayiş Kolordu Komutanlığı Askeri Mahkemesine yaptıkları başvuruda, davanın özel yetkili Van Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmesini talep etti.
Daha sonra Van Adliyesine gelen avukatlar, Genelkurmay Başkanlığı Askeri Savcılığına gönderilmek üzere Van Cumhuriyet Başsavcılığına dilekçe sundu. Avukatlar dilekçelerinde Eski Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt ile bölgede görev yapan 8 komutan hakkında, Van Cumhuriyet Başsavcılığınca ''suç işlemek için örgüt kurmak'', ''görevi kötüye kullanmak'' ve ''sahte belge düzenlemek'' suçlarından yürütülen soruşturmada, görevsizlik kararı verilerek askeri savcılığa gönderilen dosyanın, bu kez askeri savcılıkla görevsizlik kararı verilerek, Van Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilmesini istedi.
Konuyla ilgili Van Adliyesi önünde gazetecilere açıklama yapan Van Baro Başkanı Ayhan Çabuk, Şemdinli davası olarak bilinen ve astsubaylar Ali Kaya ile Özcan İldeniz ve terör örgütü PKK itirafçısı Veysel Ateş'in Asayiş Kolordu Komutanlığı Van Askeri Mahkemesinde yargılandığı davanın devam ettiğini hatırlatarak, müdahil avukatları olarak, 14 Aralık 2007'de davanın Askeri Mahkemede görülmeye başlamasıyla duruşmalardan çekildiklerini ifade etti.
Yargılamadan çekilirken, kaygılarını daha önce kamuoyu ile paylaştıklarını bildiren Ayhan Çabuk, şunları kaydetti:
''Dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı, emekli Genelkurmay Başkanı olan Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın bu suçun tutuklu sanıkları hakkında sarf ettiği (tanırım iyi çocuklardır) cümlesi ile yine basın önünde sarf ettiği (Şemdinli davası bir hukuk skandalıdır) tespitlerinin, dosya sanıklarını kollamaya yönelik beyanlar olduğu kuşkusuzdur. Aynı emekli generalin yargılamanın yapıldığı dönemde, Askeri Mahkemenin hakim sıfatı taşımayan subay üyesinin, en yüksek rütbeli komutanı ve mahkemenin ait olduğu hiyerarşik düzeninin en üst düzey yetkilisi olduğu gözden kaçırılmamalıdır.''
Emekli Orgeneral Yaşar Büyükanıt ile bölgede görev yapan 8 komutan hakkında, Van Cumhuriyet Başsavcılığınca, ''suç işlemek için örgüt kurmak'', ''görevi kötüye kullanmak'' ve ''sahte belge düzenlemek'' suçlarından soruşturma yürütüldüğünü ifade eden Çabuk, ''Ancak suç ve soruşturma tarihlerinde bulundukları statü itibariyle Askeri Ceza Kanunu uyarınca görevsizlik kararı verilmişti. Bu tarihe kadar askeri savcılık tarafından soruşturmaların sonuçları ile ilgili dosyaya ve davanın taraflarına bilgi verilmemiştir'' dedi.
Çabuk, 26 Haziran 2009'da kabul edilerek yürürlüğe giren 5918 sayılı yasanın bazı maddeleri ile 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanununda değişikliğe gidilerek, askeri yargının görev alanının daraltıldığını hatırlatarak, şöyle devam etti:
''Askeri Mahkemeden, 5271 sayılı CMK'yı değiştiren 5918 sayılı yasa göz önünde bulundurularak duruşma gününü beklemeksizin Şemdinli Davası hakkında görevsizlik kararı verilip, dosyanın görevli ve yetkili Van Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmesini talep ettik. Yine daha önce soruşturma yürütülüp hakkında sivil savcılıkça görevsizlik kararı verilen Emekli Orgeneral Yaşar Büyükanıt ve diğer komutanlara ilişkin soruşturmada, bu kez askeri savcılıkça görevsizlik kararı verilerek dosyanın Van Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilmesi için Genelkurmay Başkanlığı Askeri Başsavcılığına başvuruda bulunduk.''
