İddianamede Danıştay saldırısı ile Ergenekon bağlantısı da yer aldı. Alparslan Arslan'ın 17 Mayıs 2006'da Danıştay binasında toplantı halindeki yargı mensuplarına yönelik gerçekleştirdiği saldırı sonucunda Danıştay 2. Dairesi üyesi Mustafa Yücel Özbilgin hayatını kaybederken, Daire Başkanı Mustafa Birden, üyeler Ayfer Özdemir ve Ayla Gönenç ile Tetkik Hakimi Ahmet Çobanoğlu ağır yaralanmıştı. Üçüncü iddianamede Arslan'ın Ergenekon örgütü mensupları ile ilişki içerisinde olduğu ve söz konusu saldırıyı da bu örgütün talimatı ile gerçekleştirildiği sonucuna varıldığı bilgisi yer aldı.