İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen Ergenekon'un 3. iddianamesine göre, kumarhaneler kralı olarak bilinen Ömer Lütfi Topal'ın öldürüldüğü silah üzerinde Abdullah Çatlı'nın parmak izi çıktı. Sanık Hayrettin Ertekin'in ikametinde yapılan aramada 'İllegal Olaylar ile İlgili Genel Raporum' başlıklı, 17.06.2000 tarihli yazılı belgede 'Abdullah Çatlı'nın emniyet görevlileri ile irtibatlı olduğu, silah taşınmasına yardımcı olunması konusunda Emniyet Genel Müdürü Mehmet Ağar ve Özel Harekat Daire Başkan Vekili İbrahim Şahin'in talimatları ve bilgileri dahilinde adı geçen kişilere verildiği kanaati oluşmuştur' yazan doküman bulundu. Dokümanın devamında ise Ömer Lütfi Topal'ın öldürüldüğü silah üzerinde Abdullah Çatlı'nın parmak izinin çıktığı yazıyor.