ERGENEKON soruşturması kapsamında İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen 3. iddianamede, Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink'in öldürülmesiyle ilgili çarpıcı bilgiler yer alıyor. Sanıklardan ele geçen bir belgede, Dink'in öldürülmesinin arkasında JİTEM olduğu yazarken; Emin Gürses ile Yarbay Mustafa Dönmez arasında geçen telefon konuşmasında ise Dink'in öldürülmesinin 'iyi' ve 'uyarı' olduğu belirtiliyor. Ergenekon'un firari sanıklarından Turhan Çömez'in bilgisayarından çıkan "Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nde Çeteleşme Gerçeği" başlıklı belgenin 6. sayfasında Dink'in katlinin arkasında JİTEM, Veli Küçük ve Emniyetin olduğu iddiası yer alıyor.