Danıştay saldırısının bir numaralı sanığı Alparslan Arslan'ın babası İdris Arslan, oğlunun Ergenekon örgütü tarafından kullanılmış olabileceğini öne sürdü. Baba Arslan, duruşma arasında gazetecilere açıklamalarda bulunarak şunları söyledi: "16 Mayıs 2006 tarihinde oğlum Alparslan silahlı iki kişi arasında Danıştay binası önünde görüldü. Yaralı Danıştay üyesinin Alparslan'ı ekranda gördükten sonra, 'Bize ateş eden bu değildi' diye açıklaması var. Acaba gerçekten ateş eden Alparslan değil mi? O zamanlar öyle düşünüyordum. Bu işin içinde Ergenekon'un parmağı var diye düşünüyorum. Hüseyin Görüm, Alparslan'ın bir gece fabrikada kaldığından söz ediyor. Alparslan'ın kaldığı fabrika acaba Ergenekon'a ait bir fabrika mı? Acaba o uyku sırasında Alparslan üzerinde bir operasyon mu yapıldı, ilaç mı verildi, zihin yönlendirmesi mi yapıldı? Babası olarak tabi her şeyden şüphelenmek durumundayım. Onun için ben sabırla bekliyorum. Devletimiz inşallah bu olayı aydınlatacak."