Askere sivil yargı yolunu açan yasal düzenlemenin Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edilmesinin ardından Genelkurmay, izlenecek stratejiyi şekillendirdi. İçinde muvazzaf subaylar ile emekli komutanların da bulunduğu kritik dosyaların askeri mahkemelere gönderilmesi için Genelkurmay Başkanlığı özel olarak devreye girmeyecek. Sivil mahkemelerin kararını bekleyecek. Ancak, askeri kanat özellikle halen görevdeki personele ilişkin soruşturmaların Genelkurmay Askeri Savcılığı'na devredilmesi beklentisini ise koruyor. Genelkurmay Adli Müşavirliği, asker kişilerle ilgili güncel dosyaları masaya yatırdı. Ergenekon davası, Poyrazköy soruşturması, emekli kuvvet komutanları ile yargı süreci, ilgili Albay Dursun Çiçek'le bağlantılı iddialar, Albay Cemal Temizöz'ün durumu bu kapsamda değerlendirildi. Bazı dosyaların askeri mahkemelere gönderilmesi gerektiği düşünülmekle birlikte TSK'da, "Özel yetkili ağır ceza mahkemesi savcı ve hâkimlerine yazı gönderip, dosya istememiz doğru olmaz" görüşü oluştu. Genelkurmay, soruşturmayı veya koğuşturmayı yürüten savcı ve hâkimlerin kararını bekleyecek. Eğer sivil mahkemeler, soruşturmayı sürdürmeyi veya davayı görmeyi kararlaştırırsa Yargıtay aşamasında itiraz edilecek. Sivil ve askeri mahkemeler aynı anda görevsizlik kararı verirse yetkili yargı merciini Uyuşmazlık Mahkemesi kararı belirleyecek.
