JANDARMAGenel Komutanlığı, 1'inci Ergenekon davasının görüldüğü İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderdiği yazıda kuruluş ve kadrolarında JİTEM adı altında birim bulunmadığını ve geçmişte de böyle bir kadro oluşturulmadığını tekrarladı. Yazıda, 1987'de Jandarma Asayiş Komutanlığı ve emrinde İstihbarat Grup Komutanlığı kurulduğu, 1988'de isimlerinin İstihbarat ve Terörle Mücadele Grup Komutanlığı ve İstihbarat ve Terörle Mücadele Birlik Komutanlığı olarak değiştirildiği, ancak buna da Nisan 1990'da son verildiği anlatıldı. Yazıda, "Buna rağmen JİTEM isminin kullanılmasınıntamamen bilgisizlikten veya jandarma ile ilgisi olmayan kötü niyetli bir kısım çevrelerin yaklaşımlarından kaynaklandığı değerlendirilmektedir. Jandarma İstihbarat Timlerinden 'JİT' diye bahsedildiğinin görülmesi üzerine 1994'te JİTEM, 1997'de JİT tabirinin kullanılmaması için birlikler uyarılmıştır.