İddianamede 2 numaralı sanık Deniz Piyade Kurmay Albay Dursun Çiçek hakkında, Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni cebren ortadan kaldırmaya teşebbüs suçundan ağırlaştırılmış hapis cezası isteniyor. İddianamede, "Bilgi notu Dursun Çiçek.doc" adlı word belgesinde, Albay Çiçek'e ait "Tutuklanacağımı biliyordum. Genelkurmay da biliyor. Genelkurmay, Ergenekon soruşturmasını geç algıladı. Bu işin bu kadar büyüyeceğini hiç hesap etmediler" şeklinde ifadelerin yer aldığı belirtildi. Çiçek, hakkındaki yakalama emrini ise Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Harekât Eğitim Daire Başkanlığı'ndaki görevi başında öğrendi. Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ ise, Çiçek hakkındaki karar çıktığı saatlerde Çankaya'da Milli Güvenlik Kurulu'ndaydı. Karar Org. Başbuğ'a toplantıda bilgi notuyla iletildi. Çiçek'in ilk tutuklama emri de bir MGK toplantısı sırasında olmuştu. Albay Çiçek'in kızı stajyer avukat İrem Çiçek, "Yakalama emri henüz tebliğ edilmiş değil" dedi. Çiçek daha önce 2 kez tutuklanmasına karşın yapılan itirazlar üzerine serbest bırakılmıştı.