Cemaat'in Rusya Federasyonu'na girişi ve faaliyetleri SSCB'nin dağılmasının ardından başlamıştır. Yıllar içinde büyüyen örgütlenme yapısı, 2008 yılına gelindiğinde ülkeyi bir ağ gibi kaplamıştır. Cemaat'in faaliyetlerini 2008'de yargı kararıyla yasaklamıştır. Genellikle başarılı öğrencilere yönelen Cemaat, bu öğrencilerin barınma ve eğitim masraflarını karşılamaktadır. Kendilerine bağladıkları gençlere, Cemaat propagandası yapılmakta ve Gülen'in ilkelerine hizmet etmeleri telkin edilmektedir.
Yüksek Mahkeme'nin kararıyla faaliyetleri durdurulan Fethullah Gülen örgütlenmesi, bu karara rağmen Rusya'nın özellikle Tatar yerleşim bölgeleri başta olmak üzere propaganda faaliyetlerine ve çalışmalarına gizli olarak devam etmişlerdir. Başkent Moskova yakınlarında kamufle edilmiş özel evlerde ise öğrencileri yetiştirilmiştir. Gülen Cemaati, eğitim için Rusya'ye gelen Azeri, Kazak, Özbek ve Kırgız gençlere yakınlaşarak, örgütlenme ağını genişletmiştir.