Yeniden yargılama sonucu beraat kararı çıkan Balyoz davası, Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'nca temyiz edildi. Başsavcılık, Çetin Doğan, Behzat Balta, Mehmet Kaya Varol, İhsan Balabanlı, Metin Yavuz Yalçın, Erdal Akyazan ve Emin Küçükkılıç'ın darbeye teşebbüs ettikleri için haklarındaki beraat kararının bozulmasını talep etti. Geri kalan 229 sanığın beraatlerine ise itiraz edilmedi. Savcılık, sanıkların "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etmeye teşebbüs suçunu işledikleri" belirtildi. Yedi sanık hakkında ayrı ayrı mahkumiyetlerine karar verilmesi gerekirken beraatlarına karar verilmesinin usul ve yasaya aykırı olduğu tespiti yer aldı.
EMRE UYMADI: Başsavcı Vekili Mehmet Aydın imzalı temyiz gerekçesinde tüm sanıklar hakkında verilen beraat hükmü hatırlatıldı. Dilekçede, Kara Kuvvetleri Komutanlığınca 1. Ordu Komutanlığına rutin seminer planı kapsamında "Egemen" planının uygulanması yönünde talimat verilmesine rağmen, sanık Çetin Doğan'ın açık emre rağmen güncel olmayan ve o tarihte tehlike arz etmemesine rağmen, irtica senaryosunun oynanması yönünde hazırlık yaptığı belirtildi. Temyiz dilekçesinde şu tespitler yer aldı:
YETKİLERİNİ AŞTI: Çetin Doğan'ın irticai ayaklanmayı öngören plan semineri oynanmasındaki ısrarı ve plan seminerinde sıkıyönetim kanununun sıkıyönetim ilanı halinde Türk Silahlı Kuvvetlerine vermiş olduğu yetkileri de aşacak şekilde konuşmalar yaptı. Ayrıca, seminerin senaryosununda hukuken kabul edilebilecek bir karar bulunmaksızın orduya müdahale yetkisi verecek şekilde oluşturulmasında da sanık Çetin Doğan'ın hükümete karşı tavrını ortaya koydu.
ORDU HÜKUMET KURAMAZ: Ordunun Milli Mutabakat Hükümeti kurma gibi bir görev ve yetkisinin bulunmamasına rağmen sanık Çetin Doğan'ın seminer konuşmasında Ak Parti iktidarının düşürülmesinden sonra Milli Mutabakat Hükümeti kurulmasından bahsetmiştir.
DARBE OLSAYDI CEZASI OLMAZDI
"Seminerde gerçek kişi ve kurumlardan söz edilmemesi gerekirken, sanıklar konuşmalarında gerçek kişi ve kurumlardan söz etti. Bu şekliyle sanıkların, üzerlerine atılı suçun icrai hareketlerine başladıkları görülmüştür. Hükümeti devirme kastının ortaya konulmasından sonra buna ilişkin hareketlere başlanması halinde suçların icrai hareketlerinin de başladığının kabulü gerektiği açıktır. Zaten suç işlendikten sonra düzenin değişmiş olacağı, eylemi gerçekleştirenleri cezalandıracak makamında olmayacağı değerlendirilmiştir.