Tekerlekli sandalyeyle İzmir Adliyesine getirilen Bozkurt, savcılıkta yaklaşık 6 saat süren sorgusunun ardından "silahlı terör örgütü üyesi olmak" suçlamasıyla sevk edildiği nöbetçi mahkeme tarafından tutuklanarak cezaevine gönderildi.
Meslekten ihraç edilen Sayıştay uzman denetçisi Nurettin Dündar ile iş adamı İsmail Özer de tutuklandı.
Erzincan'da 2009 yılında dönemin Başsavcısı İlhan Cihaner ile eski 3. Ordu Komutanı Orgeneral Saldıray Berk'in de aralarında bulunduğu 14 sanığın, "Ergenekon terör örgütü üyeliği, resmi belgede sahtecilik ve tehdit" suçlamasıyla yargılandığı, geçen yıl beraatle sonuçlanan davada, Bayram Bozkurt'un "Efe" kod adıyla ifade veren gizli tanık olduğu iddia edilmişti.
Konuya ilişkin Erzincan Cumhuriyet Başsavcılığının yürüttüğü soruşturma kapsamında 26 Şubat 2016'da gözaltına alınan Bozkurt, "yalancı gizli tanıklık yapmak ve hürriyeti tehdit" suçlarından adliyeye sevk edilmiş, nöbetçi Sulh Ceza Hakimliğince adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.
Erzincan Cumhuriyet Savcılığı tarafından bu soruşturmaya ilişkin hazırlanan iddianamenin Erzincan Ağır Ceza Mahkemesince kabul edilmesinin ardından Bayram Bozkurt hakkında yakalama kararı çıkarılmıştı.
İzmir İstihbarat ve Terörle Mücadele Şubesi ekipleri, hakkında İzmir'deki Fetullahçı Terör Örgütü/Paralel Devlet Yapılanması (FETÖ/PDY) soruşturması kapsamında gözaltı kararı verilen ve Erzincan'daki soruşturmayla ilgili de yakalama kararı bulunan Bayram Bozkurt'un Bornova ilçesinde bir evde saklandığını tespit ederek 5 Eylül'de operasyon düzenlemişti. Bozkurt'un, polislerden kaçmaya çalışırken düşerek ayağı kırılmıştı. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine kaldırılan ve ameliyat geçiren Bozkurt, tedavisinin ardından Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü ekipleri tarafından gözaltına alınmıştı.
