Anayasa Mahkemesi, referandumdaki "mühürsüz oylar" nedeniyle Cumhurbaşkanlığı sistemine geçişi sağlayan referanduma gölge düşürmeye çalışan muhalefete hukuk dersi niteliğinde bir gerekçeyle yanıt verdi. Yüksek Mahkeme, referandum sonucunun bireysel başvuru yoluyla iptal ettirilmesi girişimine karşı verdiği ret kararının gerekçesini yayımladı. Muhalefet, halkoylamasından umduğunu bulamayınca sonuçlar üzerine siyaseten gölge düşürmeye çalışırken, Halkın Kurtuluşu Partisi ve bir vatandaş, bireysel başvuru yoluyla Anayasa Mahkemesi'ne gitmişti. Yüksek Mahkeme bu başvuruyu "yetkisizlik" nedeniyle kabul edilemez bularak reddetti. Mahkeme'nin gerekçeli kararında, YSK tarafından, sandık kurulu mührü taşımayan oy pusulası ve zarfların dışarıdan getirilerek kullanıldığı kanıtlanmadıkça geçerli sayılmasına karar verildiği hatırlatıldı. Anayasa Mahkemesi, bir hak ihlalinin bireysel başvuruya konu olabilmesi için o hakkın Anayasa ve Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi ile güvence altına alınmış olması gerektiğine işaret etti. Yüksek Mahkeme, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin, İnsan Hakları Sözleşmesi'nin Ek 1 No'lu protokolünde yer alan "serbest seçim hakkı"nı yorumlarken bu hakkın yasama organlarının seçimleri ile sınırlı bir hak olduğunun altını çizdiğine işaret etti. Bu bağlamda Sözleşme'ye ek 1 No.lu Protokol'ün 3. maddesi kapsamı dışında kalan başvuru konusu halkoylamasında serbest seçim hakkının ihlal edildiği iddiasının, anayasa ve AİHS'nin ortak koruma alanında yer alan bir hakka ilişkin olmadığını vurgulanan kararda, şu ifadelere yer verildi: "Öte yandan Yüksek Seçim Kurulu kararları, Anayasa'nın 79. maddesinin ikinci fıkrası gereği yargı denetimi dışında bırakıldığından, Anayasa'nın yargı denetimi dışında bıraktığı işlemlerin bireysel başvuru konusu olamayacağına dair 6216 sayılı Anayasa Mahkemesi'nin Kuruluşu ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun'un 45. maddesinin (3) numaralı fıkrası uyarınca da başvurucunun iddialarının bireysel başvuruya konu edilmesi mümkün değildir. Sonuç olarak Anayasa Mahkemesi, başvurunun diğer kabul edilebilirlik koşulları yönünden incelenmeksizin konu bakımından yetkisizlik nedeniyle kabul edilemez olduğuna karar vermiştir."