Cumhuriyet'in kurucusu Atatürk 1 Kasım 1937 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde yasama yılını açış konuşmasında Doğu Anadolu'da büyük bir üniversite kurmanın gereğini ifade ederek, bu husustaki çalışmaları başlatma talimatı vermiştir.
Atatürk'ün ölümünün ardından bu çalışmalara 12 yıl ara verildikten sonra konu, 1950 yılında tekrar gündeme getirildi. 1951 yılında oluşturulan bir komisyon Doğu Üniversitesi'nin Erzurum'da kurulmasını önerdi. 1954 yılında çıkarılan 6373 Sayılı Kanunla bu üniversitenin adının Atatürk Üniversitesi olması kararlaştırıldı. Aynı yıl Amerika Birleşik Devletleri A.I.D. teşkilatı aracılığı sonucu Nebraska Üniversitesi ile işbirliği anlaşması imzalanarak hazırlık çalışmaları hızlandırıldı ve 6990 Sayılı Atatürk Üniversitesi Kanunu'nun 7 Haziran 1957 tarihinde yürürlüğe girmesi ile kuruluş çalışmaları tamamlanmış oldu.
Üniversite 17 Kasım 1958 tarihinde Şair Nef-i Ortaokulu binasında Ziraat ve Fen - Edebiyat Fakülteleri ile öğretime başladı. İki fakültede 135 öğrenci ile öğretime başlayan Atatürk Üniversitesi, 2005-2006 öğretim yılı itibariyle 41.613 Öğrenci, 2.439 Öğretim Elemanı, 17 Fakülte, 20 Yüksekokul, 6 Enstitü, 16 Araştırma Merkezi, 100 binin üzerinde mezuna sahiptir. Şuan Türkiye'deki en büyük ikinci kampüse sahiptir.29.844 kontenjanla ERZURUM Atatürk Üniversitesi,Anadolu Üniversitesinden sonra Türkiye de en fazla öğrenci alan 2.üniversite olmuştur.(2011-2012 ye ait rakamlarla) Ayrıca Üniversite Türkiye'de Açıköğretim Fakültesi bulunan 2.üniversitedir. Açıköğretim Fakültesi 2010 yılında kurulmuş ve 2011-2012 Eğitim-Öğretim yılında öğrenci kabulüne başlamıştır.

Fakülteler
*Açıköğretim Fakültesi
*Mimarlık ve Tasarım Fakültesi
*Ziraat Fakültesi
*Fen Fakültesi
*Edebiyat Fakültesi
*İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
*Tıp Fakültesi
*Diş Hekimliği Fakültesi
*Kâzım Karabekir Eğitim Fakültesi
*Mühendislik Fakültesi
*İlahiyat Fakültesi
*Güzel Sanatlar Fakültesi
*İletişim Fakültesi
*Eczacılık Fakültesi
*Veteriner Fakültesi
*Hukuk Fakültesi
*Sağlık Bilimleri Fakültesi
*Turizm Fakültesi

Enstitüler

*Fen Bilimleri Enstitüleri
*Sosyal Bilimler Enstitüsü
*Atatürk İlke ve İnkılap Tarihi Enstitüsü
*Sağlık Bilimleri Enstitüsü
*Güzel Sanatlar Enstitüsü
*Türkiyat

Yüksek Okullar

*İspir Hamza Polat Meslek Yüksek Okulu
*Erzurum Meslek Yüksek Okulu
*Erzurum Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu
*Beden Eğitimi ve Spor Yüksek Okulu
*Ağrı Sağlık Yüksek Okulu
*Hemşirelik Yüksek Okulu
*Yabancı Diller Yüksek Okulu
*Oltu Meslek Yüksek Okulu
*Narman Meslek Yüksek Okulu
*Pasinler Meslek Yüksek Okulu
*Aşkale Meslek Yüksek Okulu
*Hınıs Meslek Yüksek Okulu
*Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksek Okulu

Araştırma ve uygulama merkezleri

*Astrofizik Araştırma ve Uygulama Merkezi
*Sağlık Araştırma ve Uygulamaları Merkezi
*Deprem Araştırma Merkezi
*Çevre Sorunları Araştırma Merkezi
*Biyoteknoloji araştırma Merkezi
*Bilgisayar Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merkezi
*Dil Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
*İbrahim Hakkı Araştırma Merkezi
*Avrupa Toplulukları Uygulama ve Araştırma Merkezi
*Türk Ermeni İlişkileri Araştırma Merkezi
*Üniversite Sanayi İşbirliğini Geliştirme Merkezi
*Tıbbı Aromatik Bitki-İlaç Araştırma Merkezi
*Tarımsal Araştırma ve Yayım Merkezi
*Tıbbi Deneysel Uygulama ve Araştırma Merkezi
*Halıcılık Eğitim Merkezi
*Stratejik Araştırma Merkezi