Mevcut durumda, general ve amiraller askeri suçlardan dolayı Genelkurmay Askeri Mahkemesi'nde yargılanabiliyor. Bu düzenleme ile darbe hazırlığı içinde bulunduğu yönünde güçlü deliller bulunan general ve amirallere yönelik hukuki süreç başlatılabilecek. Ergenekon soruşturması kapsamında şimdiye kadar sadece albay ve alt rütbedeki subay, astsubay ve uzman çavuşlara yönelik gerçekleştirilen ifade alma, gözaltı, tutuklama, ev ve işyerlerinde arama işlemlerinin, general ve amirallere kadar uzanabilecek olması, muhtelif iddia ve isnatlar üzerine generallerin de savcılığa davet edilebilecek olması, yetki genişliği yönüyle askeri kanatta rahatsızlık yaratıyor.