Mahkeme'nin kararındaki, "26 Aralık 2009'dan itibaren devlet sırrı niteliğindeki belgelerin muhafaza edildiği özel odalarda bulunan tüm belgeler üzerinde inceleme ve araştırma yapılması işlemlerine devam edildiği anlaşılmıştır" ifadesi ve cümledeki "tüm belgeler" tanımlaması dikkat çekti. Bu durum, "hâkim yetki sınırlarını aştı" ve "Genelkurmay devlet sırlarının da incelendiğini tespit etti?" kuşkusunu gündeme getirdi. Mahkeme kararında, aramayı yapan Hâkim Kadir Kayan'a şu uyarıda bulundu: "Arama sırasında devlet sırrı niteliğindeki gizli bilgi ve belgelerin öğrenilmesi durumunda bu bilgilerin hiçbir suret ve şekilde tutanak ve kayıt altına alınmaması gerekir. Sadece suçlama konusu ile ilgili olan ve dolayısıyla devlet sırrı niteliğinde değerlendirilemeyecek bilgi ve belgelerin tespit ve muhafazası ile ilgili işlemlerin yapılması gerekir."
