HSYK'nın Ergenekon davasını yürüten hakim ve savcılara ilişkin bir tasarrufta bulunacağına ilişkin iddialar Ocak 2009'da gündeme gelmişti. HSYK'nın bazı üyelerinin Ergenekon Savcısı Zekeriya Öz'ün görev yerinin değiştirilmesi veya yetkilerinin sınırlandırılmasını istedikleri iddia edilmişti. Bu iddialar HSYK çevrelerince yalanlansa da bir süre sonra HSYK, Ergenekon soruşturmasını da yürüten İstanbul Geniş Yetkili Ağır Ceza Mahkemesi Başsavcı Vekilliğine üç yeni savcı görevlendirmişti.