Balyoz Harekatı Eylem Planı'nı hazırladığı iddia edilen Emekli 1. Ordu Komutanı Orgeneral Çetin Doğan Balyoz'un 1 numaralı sanığı.
Emekli Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Özden Örnek, görevdeyken tuttuğu Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz ve Eldiven darbe günlükleriyle gündeme gelmişti.
Darbeye zemin hazırlamakla suçlanan Emekli Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral İbrahim Fırtına hakkında Ayışığı planında geçen 22 Eylül 2003'teki toplantıda eski Genelkurmay başkanı Hilmi Özkök'e "Ya sen çekil ya da biz çekileceğiz" şeklinde not verildiği iddia edilmişti.
Emekli Genelkurmay İkinci Başkanı ve 1. Ordu Komutanı Orgeneral Ergin Saygun, Başbakan Erdoğan'ın 5 Kasım 2007'de ABD Başkanı Bush ile Beyaz Saray'da yaptığı görüşmeye katılmıştı.
Emekli Özel Kuvvetler Komutanı Korgeneral Engin Alan, Abdullah Öcalan'ın Kenya'dan getirildiği operasyonu yönetmişti. Alan'ın döneminde PKK'nın 2 numaralı ismi Şemdin Sakık da Kuzey Irak'tan "Yarasa Operasyonu" ile Türkiye'ye getirilmişti.
Balyoz Darbe Palanı'nda koordinatörlük görevini üstlendiği anlaşılan dönemin 1'inci Ordu Komutanı Kurmay Albay Süha Tanyeri, Tuğgeneral olarak emekli oldu. Türkiye üzerine karanlık senaryoların konuşulduğu Hudson Enstitüsü'ndeki toplantıda ABD'li komutanlara "PKK'nın üst düzey yöneticilerini teslim ederseniz AK Parti'nin oyu artar" diyen kişi olarak gündeme gelmişti.
Kolordu Komutanı Korgeneral M. Korkut Özarslan, Elazığ'daki depremden sonra afet bölgesini ziyaret eden Başbakan Tayyip Erdoğan'ın sarılarak teşekkür ettiği komutandı.
Taktik Piyade Komutanı Tümgeneral Gürbüz Kaya hakkında ses kaydı ortaya çıkmıştı. Yine Kaya, 7 askerin şehit olması üzerine Şemdinli Tekeli Tabur Komutanlığı'na giden Erdoğan ve Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'a PKK'lıları çoban sandıklarını söylemişti.
Güney Deniz Saha Komutanı Koramiral Kadir Sağdıç, kendisine ait olduğu iddia edilen ses kaydında ordunun 20-25 yılda bir siyasete müdahale etmesi gerektiği görüşüyle gündeme gelmişti. -Harp Akademileri Komutan Yardımcısı Korgeneral Yurdaer Olcan, önceki gün Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ve Başbakan Tayyip Erdoğan'ın katıldığı Harp Akademileri mezuniyet töreninde ödül vermişti.