Paralel Yapı'nın izini süren İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na kumpas şikayetleri çığ gibi artınca tek savcı yetersiz kaldı. Aylardır tanıkları dinleyen savcılık soruşturmayı genişleterek 6 ayrı savcı görevlendirdi. Paralel örgütün önemli davalar üzerinden kurduğu tuzaklar araştırılıyor. Paralel kumpasın izin sürecek 6 savcı ve görev dağılımları şöyle:
Mesut Erdinç Bayhan- Ergenekon ana davası
Cumali Karakütük- Ergenekon ve Odatv davası
Bülent Başar- Poyrazköy davası
Gökalp Kökçü- Balyoz davası
Zafer Koç- Askeri Casusluk davası
Hrant Dink cinayeti ve Zirve Yayınevi davasındaki Paralel Yapı'nın kumpasını soruşturacak savcı Yusuf Hakkı Doğan Yargıtay'a atanınca bu dosyalar geçici olarak Gökalp Kökçü'ye verildi. Doğan'ın yerine yeni bir savcı atanacak. Paralel Yapı'nın kozmik odalara girmesi, TÜBİTAK ve HAVELSAN projelerini ele geçirmesi, KCK soruşturması kapsamında MİT Müsteşarı Hakan Fidan'a kumpas kurulması, Dönemin Başbakanı Erdoğan'ın evine ve çalışma ofisine böcek konulması ve Dışişleri Bakanlığı'nın gizli toplantılarının dinlenmesi araştırma konuları.