Tedavi gördüğü hastanede vefat eden Bağdatlı'nın cenazesi Fatih Camii'ne getirildi. Bağdatlı, öğle namazını müteakip kılınan cenaze namazın ardından Edirnekapı Şehitliği'nde toprağa verildi.
Cenaze namazına, Bağdatlı'nın ailesi ve öğrencileri, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Rektörü Prof. Dr. Nuri Aydın ile bazı akademisyenler katıldı.
Öte yandan, Bağdatlı'nın vefat haberinin ardından kalp krizi geçirerek, hayatını kaybeden kız kardeşi Türkan Bağdatlı için de Fatih Camisi'nde cenaze namazı kılındı. Türkan Bağdatlı, Eski Kozlu Mezarlığı'nda toprağa verildi.