Profesyonel futbol hayatına Brezilya Serie A kulübü olan Atletico Mineiro'da başlayan Paulo Henrique'nin sahneye ilk çıkışı, Sao Paulo'ya karşı 10 Haziran 2007 tarihinde deplasmanda golünü de atarak 1-0 galip geldikleri maçla oldu.
2007 yılında 5 yıllık mukaveleye imza atarak Hollanda ekibi SC Heerenveen'e transfer oldu. Üç sezonda 55 maç giydiği forma ile 16 gole imza etti.

2010 yılında sözleşmesi feshedildi ve Brezilya Seri A ekiplerinden Palmeiras'a katıldı.

201-2011 sezonunda Westerlo forması giyen Henrique, 39 maçta (Belçika Ligi ve Belçika Kupası) 22 gol, 10 asist yaparak göz doldurmuştur.

3 Haziran 2011 tarihi itibariyle Trabzonspor'la anlaşmıştır. 7 Haziran 2011'de görüşmeler, İstanbul Menkul Kıymetler Borsasına (İMKB) bildirilmiştir. Paulo Henrique, Trabzonspor ile 5 yıllık sözleşme imzalamıştır. Henrique Trabzonspor'un eski teknik direktörlerinden Urbain Braems tavsiyesi üzerine izlenmeye başlandı ve takıma faydalı olabileceği düşünülerek transfer edildi.