Zayn Malik'in babası Pakistanlı Yaser Malik ve annesi İngiliz Tricia Malik'tir. Malik'in üç kız kardeşi var Doniya, Waliyha ve Safaa. Bradford'un East Bowling tarafında büyüdü. İlk okulda Lower Fields'a ve lisede Tong High School'a gitti. Zayn küçüklüğünü "Küçükken başa çıkılması zor biriydim. Biraz hiperaktiftim ki annem bile beni çocuk arabasında gezdirirdi." diye anlatıyor. Annesi de Zayn'i "Zayn bilgisayar başında şarkılara saatlerce eşlik ederdi." diye anlatıyor. Zayn Malik saçları yüzünden ilk iki okulundan atıldığını ama kız kardeşleri ile başka okula geçince uyum sağladığını söylemektedir.