TERÖRÜN Yönetimi çalışmasındaki Ajan Teşkilatları başlığını taşıyan bölümde, Türkiye'de derin devlet tarafından organize edildiği iddia edilen olaylar da yer alıyor. Bu organizasyonlar 6-7 Eylül olayları, 1 Mayıs 1977 Taksim Meydanı Katliamı, Bahçelievler Katliamı, 16 Mart Katliamı ve Kahramanmaraş Katliamı olarak ayrıntıyla anlatılıyor. Bu bölümde 12 Eylül Askeri Darbesi'yle ilgili de tespitler var. Darbe "Genelkurmay başkanı Kenan Evren önderliğindeki askeri darbe, 1980" şeklinde tanımlanıyor. Sonrasında da darbenin CIA ile ilgili bağlantısına dikkat çekiliyor: "Bu darbenin arkasındaki Amerikan desteği CIA Ankara bürosu şefi Paul Henze tarafından doğrulandı."