Başbakan Tayyip Erdoğan'dan Ergenekon soruşturmasıyla ilgili önceki hükümetlere suçlama geldi. Erdoğan "Bugüne kadar bu işler ne yazık ki gelen iktidarlar tarafından ya sumen altı edilmiş veyahut da koruma altına alınmıştır. Ama bu hükümet bunları koruma altına alan bir hükümet olmamıştır" dedi. Polonya Gdansk Üniversitesi'nde düzenlenen konferansa katılan Erdoğan, Ergenekon soruşturmasıyla ilgili süreci yargının başlattığını kendilerine de "Ergenekon ile ilgili ismi geçenlerin yakalanarak teslim edilmesi" talimatı verdiğini söyledi. Başbakan "Operasyonların hükümete etkisi nedir?" sorusunu ise şöyle yanıtladı : "Bu konuda tabii rahatsız olan çevreler hükümetle bunun ilintisini kurmaya çalışmışlar. Çünkü bugüne kadar bu işler ne yazık ki gelen iktidarlar tarafından ya sumen altı edilmiş veyahut da koruma altına alınmıştır. Ama bu hükümet bunları koruma altına alan bir hükümet olmamıştır. Demiştir ki, 'yargısız infaz olmaz' doğrudur, ancak her şeyin ak mı kara mı ortaya çıkabilmesi için de güvenlik güçlerinin yargının istediği bütün bu belgeleri kendilerine teslim etmesi, bu noktada zanlı olarak düşündüğü isimleri götürüp vermek görevi vardır." Erdoğan, "TSK'nın hükümete olan etkisinin AB'ye girme noktasında azalması gerekir. Bu konuda ne düşünüyorsunuz?" sorusuna Erdoğan TSK'nın Anayasal sınırlar içinde kalarak görev yaptığını vurgulayarak "Bunun Türkiye'nin dışında başka şekilde anlatılması ve anlaşılmasını anlamakta zorlanıyorum" yanıtını verdi. Türkiye'nin AB üyeliğine karşı çıkan Fransa Cumhurbaşkanı Nicolas Sarkozy ve Almanya Başkanı Angela Merkel'e tepkisini sürdüren Erdoğan "Bizi almak istemiyorsanız söyleyin, bilelim" dedi.